T. Cruise santykiai su dukra yra tema, kuri ilgą laiką glumino aktoriaus gerbėjus. 2000-aisiais Tom ir jo buvusi žmona Kate Holmes kartu su savo dukra Suri dažnai lankėsi viešumoje ir buvo reguliariai aptarinėjami bulvariniuose leidiniuose. Tačiau po K. Holmes ir T. Cruise skyrybų 2012 m., aktorius niekuomet viešumoje nebepasirodė su Suri.
T. Cruise viešumoje nebuvo užfiksuotas su Suri nuo 2012 m. ir, kaip pranešama, yra visiškai atsiskyręs nuo savo dukters, kuriai dabar 17 metų. Neaišku, ar jis ją matė, ar kalbėjo su ja už uždarų durų. T. Cruise nebuvo suteikta Suri globa, ji buvo suteikta dukters motinai.
T. Cruise buvo suteikta teisė lankytis pas dukrą 10 dienų per mėnesį, tačiau šaltiniai teigia, kad jis nusprendė su ja nesimatyti. „Jis to nedaro, nes jo dukra nėra scientologė“, – 2018 m. teigė artimas T. Cruise šaltinis. Pranešama, kad T. Cruise moka daugiau nei 33 000 JAV dolerių per mėnesį Suri išlaikymui.
„Nors jis nepageidauja su ja matytis, vis dar ją myli“, – 2019 metais tvirtino artimas T. Cruise šaltinis. „Tom niekada neketino atsiriboti nuo savo dukters ir tikisi, kad vieną dieną santykiai sutvarkys“, - teigė T. Cruise artimas draugas.
T. Cruise viešai prisipažino, kad Katie Holmes su juo išsiskyrė, kad apsaugotų Suri nuo scientologijos. T. Cruise priklauso prieštaringai vertinamai Scientologijos bažnyčiai – religinei grupei, kuri dažnai vadinama ir pavojingu kultu, ir manipuliuojančiu pelno siekiančiu verslu. K. Holmes taip pat studijavo scientologiją jų santuokos metu, bet, kaip pranešama, paliko T. Cruise , kad išvengtų tolesnio įsitvirtinimo grupėje.
Šaltiniai teigia, kad kiekvienas, kuris palieka Scientologijos bažnyčią, tampa atskirtas nuo visų kitų bažnyčios narių, įskaitant jų artimiausią šeimą. Įtariama, kad K. Holmes buvo uždrausta kalbėti apie scientologiją. Aktorė niekada viešai nekalbėjo nei apie savo buvusio vyro religiją, nei apie tai, kodėl ji paliko bažnyčią, o grupės kritikai užsiminė, kad jai gali būti teisiškai apribota tai daryti. Tony Ortega, buvęs „The Village Voice“ vyriausiasis redaktorius ir scientologijos kritikas, leidiniui „Us Weekly“ sakė, kad K. Holmes tikriausiai pasirašė „tam tikrą neatskleidimo susitarimą, teigdama, kad nieko blogo apie scientologiją nepasakys“.
Tiesa, įdomus faktas, kad T. Cruise palaiko ryšius su vaikais, kurių globa dalijasi su aktore Nicole Kidman. T. Cruise turi du suaugusius vaikus, Connor ir Isabella, su buvusia žmona Nicole Kidman ir, atrodo, yra su jais artimas. Abu vaikai, kuriuos įvaikino buvusi pora, neseniai savo socialinės žiniasklaidos platformose reklamavo naują tėvo filmą „Top Gun: Maverick“. Connor ir Isabella yra aktyvūs Scientologijos bažnyčios nariai.
„Jie yra suaugę“, – apie savo vaikų tikėjimą 2018 m. sakė Nicole Kidman. „Jie gali patys priimti sprendimus. Jie nusprendė būti scientologais ir mano, kaip motinos, darbas yra juos mylėti“, – teigė Nicole Kidman.