Jonas Vytautas Bruveris gimė Medikuičiuose (Joniškio vlsč.). 1956 m. baigė Joniškio vidurinę mokyklą, 1960 m. – kompozicijos studijas Juozo Tallat-Kelpšos muzikos mokykloje (Juozo Karoso kl.). 1960–1965 m. studijavo muzikologiją anuometinėje Lietuvos valstybinėje konservatorijoje (Juozo Gaudrimo kl.), 1966–1969 m. – muzikos estetiką Leningrado konservatorijos aspirantūroje. 1973 m. J. V. Bruveris apgynė menotyros mokslų kandidato disertaciją „M. K. Čiurlionio kūrybos estetinės problemos“.

Nuo 1969 m. jis ilgus metus dėstė Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje: muzikos istorijos, muzikos estetikos, muzikos kritikos disciplinas. 1993–1999 m. buvo Senato pirmininkas. Prof. J. V. Bruverio specialybės klasę baigė nemažai Lietuvos muzikologų (Judita Žukienė, Jonas Vilimas, Karina Firkavičiūtė ir kiti).

Lygiagrečiai nuo 1975 iki 1992 m. su pertrauka jis dirbo Lietuvos nacionalinio operos ir baleto teatro Literatūros skyriaus redaktoriumi, 1981–1984 m. dėstė Bratislavos universitete, 1992–1996 m. buvo Lietuvos teatro, muzikos ir kino muziejaus direktorius, nuo 1993 m. Lietuvos Franzo Schuberto draugijos pirmininkas.

Jonas Vytautas Bruveris parašė straipsnių apie lietuvių ir užsienio muziką, išleido knygų, iš kurių reikšmingiausia – 2006 m. išleista „Lietuvos nacionalinis operos ir baleto teatras“. Už šį darbą muzikologui buvo skirta Lietuvos nacionalinė kultūros ir meno premija.

J. V. Bruveris išleido biografinių leidinių: apybraižą „Mikalojus Konstatinas Čiurlionios“ (1973), „Čiurlioniui – 100“ (1977), „Kiprui Petrauskui 100“ (1988), „Birutė Almonaitytė: dainininkės gyvenimas, kūryba, mintys, bičiulių žodžiai“ (1999).

Daugelis muzikologo publicistikos straipsnių 2014 m. buvo surinkti į knygą „Muzikos žemyno keliais: straipsnių rinkinys“ (sud. Rūta Gaidamavičiūtė, išleido Lietuvos muzikos ir teatro akademija). Visos temos, į kurias ilgametis LMTA profesorius, įdėmus kultūros reiškinių stebėtojas ir vertintojas, tyrė ne vieną dešimtmetį sugulė į tais pat metais LMTA išleistą knygą „Lietuvių muzikos istoriniai kontekstai: teorinis sintetinis mokslo darbas“: čia aptariami M. K. Čiurlionio gyvenimas ir kūryba, lietuviškos operos formavimasis ir raida, Vilniaus kultūrinio gyvenimo spalvos, novatoriški muzikinės Lituanikos tyrinėjimai ir kt.

Profesoriaus Jono Vytauto Bruverio darbai buvo įvertinti aukščiausių apdovanojimų: greta 2006 m. Lietuvos nacionalinės kultūros ir meno premijos, 2012 m. jis buvo apdovanotas „Už nuopelnus Lietuvai“ Riterio kryžiumi.