Į antisovietinę pogrindinę veiklą devyniolikmetis J. Lukša įsitraukė dar pirmos sovietų okupacijos metu, 1940 m. įstojęs į Vytauto Didžiojo universiteto Architektūros fakultetą, primena Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras.
Buvo Lietuvių aktyvistų fronto narys, už šią veiklą 1941 m. birželio 6 d. suimtas ir kalintas Kauno sunkiųjų darbų kalėjime – dar iki SSRS–Vokietijos karo pradžios.
Vokiečių okupacijos metais tęsė architektūros studijas ir dalyvavo jau antinacinėje veikloje, priklausė pogrindinei organizacijai Lietuvių frontas.
Sovietams antrą kartą okupavus Lietuvą 1945 m. lapkričio mėnesį įstojo į Tauro apygardos partizanų gretas.
1946 m. pradžioje oficialiai paskirtas Tauro apygardos Geležinio Vilko rinktinės Spaudos ir propagandos skyriaus viršininku: su kitais kovotojais leido laikraštį „Kovos keliu“, redagavo „Laisvės žvalgą“.
1946 m. birželio 6 d. kaip Lietuvių fronto narys pasirašė Bendrojo demokratinio pasipriešinimo sąjūdžio (BDPS) įkūrimo aktą, nuo 1946 m. rugsėjo mėnesio Vilniuje dalyvavo BDPS ir Vyriausiojo ginkluotųjų pajėgų štabo (VGPŠ) organizacinėje veikloje. Svariai prisidėjo prie itin svarbios MGB (KGB) operacijos sužlugdymo – išsiaiškino, kad sovietai partizaninį judėjimą bandė sunaikinti per agentą Juozą Markulį-Erelį.
1947 m. sausio 12 d. paskirtas Tauro apygardos Birutės rinktinės vadu, vasario 15 d. jam suteiktas jaunesniojo puskarininkio laipsnis.
1947 m. gegužę kaip VGPŠ įgaliotinis kartu su Jurgiu Krikščiūnu-Vytautu perėjo SSRS–Lenkijos sieną, perdavė užsienio lietuvių organizacijoms partizanų dokumentus, informavo apie padėtį Lietuvoje ir grįžo atgal.
1947 m. rugpjūčio 20 d. paskirtas Tauro apygardos Žvalgybos skyriaus viršininku, dar anksčiau jam suteiktas partizanų puskarininkio laipsnis.
1947 m. gruodžio mėnesį kartu su Kazimieru Pypliu-Audroniu, kaip BDPS Prezidiumo įgaliotiniai, antrą kartą prasiveržė pro geležinę uždangą į Vakarus. Ieškodamas kontaktų su lietuvių emigracijos atstovais lankėsi Švedijoje, Vakarų Vokietijoje, Prancūzijoje. Susitikimuose informavo apie okupuotos Lietuvos rezistencijos padėtį, mezgė ryšius su užsieniu, ieškojo materialinės paramos partizanams, 1948 m. liepos 7-9 d. dalyvavo lietuvių organizacijų atstovų pasitarime Baden Badene.
1949 m. spalio 11 d. paskirtas Lietuvos laisvės kovų sąjūdžio (LLKS) įgaliotiniu užsieniui ir LLKS Visuomeninės dalies Politinio skyriaus viršininku.
1948–1950 m. mokėsi Prancūzijos ir JAV žvalgybų mokyklose.
1950 m. liepos 23 d. Vokietijoje vedė Nijolę Bražėnaitę.
Remdamasis bendražygių surinkta medžiaga parašė atsiminimų knygą „Partizanai už geležinės uždangos“, knyga išversta į anglų, švedų ir vokiečių kalbas.
1950 m. spalio 3 d. su kitais desantininkais grįžo į Lietuvą.
1950 m. lapkričio 25 d. paskirtas LLKS Vyriausiosios vadovybės Žvalgybos skyriaus viršininku. Tais pačiais metais apdovanotas 1-ojo laipsnio Laisvės Kovos Kryžiumi (su kardais), jam suteiktas Laisvės Kovotojo Karžygio garbės vardas.
1951 m. rugsėjo 4 d. žuvo MGB suorganizuotoje pasaloje Kauno rajono Pabartupio kaime. J. Lukšos palaikus sovietai paslėpė, užkasimo vieta iki šiol nežinoma.
1997 m. apdovanotas 1-ojo laipsnio Vyčio Kryžiaus ordinu.
Laikydamasis konspiracijos J. Lukša nuolat keitė savo slapyvardžius: užimdamas naujas pareigas pasirinkdavo naują slapyvardį. Pirmasis pogrindinis slapyvardis – Vytis, būdamas Birutės rinktinės vadu vadinosi Skirmantu, VGPŠ įgaliotiniu – Kęstučiu, antrą kartą eidamas į Vakarus – Skrajūnu, o grįžęs į Lietuvą – Mykolaičiu. Atsiminimų knygą pasirašė kaip Daumantas. Įvairiu laiku taip pat turėjo Juodžio, Kazimiero, Armino, Adam, Stan, Miko slapyvardžius.
Kaip teigiama Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centro pranešime, J. Lukša legenda iš esmės tapo dėl dviejų sėkmingų prasiveržimų pro geležinę uždangą.
