Praėjus keturioms dienoms po nepriklausomybės paskelbimo, 1990 m. kovo 15 d., buvo priimtas nutarimas steigti valstybės sienos kontrolės postus, po pusmečio, spalio 1 d., pradėjo veikti ir Lietuvos muitinė. Lapkričio mėnesį pasienyje jau veikė daugiau kaip 50 kontrolės postų, patruliavo užkardų tarnybos, o 1991 m. sausio 21 d., praėjus savaitei po kruvinos Sausio 13-os, atsidarė ir pirmasis muitinės postas prie pavojingos pietryčių Lietuvos sienos – Lavoriškėse.
Sienos kontrolės pradžia buvo dramatiška: Sovietų Sąjunga priešinosi Lietuvos siekiams atsiriboti nuo kitos imperijos dalies, pasitelkusi okupacinę kariuomenę ir specialiuosius sovietinės milicijos būrius – Vilniaus ir Rygos OMON-ą, puldinėjo ir siaubė pasienio kontrolės ir muitinės postus.
Karas pasienyje tęsėsi 9 mėnesius – nuo 1990 m. gruodžio iki 1991 rugpjūčio pučo Maskvoje, po kurio žlugimo prasidėjo tarptautinis Lietuvos nepriklausomybės pripažinimas.
Kariaujančiųjų jėgos buvo labai nelygios. Lietuvos pasieniečiai ir muitininkai turėjo tik reguliuotojo lazdelę ir kilnojamąją užtvarą, jų ginklai buvo patriotizmas, laisvės siekis ir tvirta valia. Kita fronto pusė buvo apginkluota visų rūšių ginklais ir jautė galingą imperinę paramą, jos tikslas buvo įbauginti pasieniečius ir muitininkus, sunaikinti Lietuvą nuo Sovietų Sąjungos skiriančias ribas, tad ir metodai buvo atitinkami – šantažas, teroras (laužomos užtvaros, siaubiami, deginami postų nameliai-vagonėliai, daužomi, žalojami pasieniečiai ir muitininkai, grobiami jų asmeniniai daiktai), o galiausiai – žudynės. Propagandiniais tikslais Kremlius į Lietuvą atsiuntė filmavimo grupę, kuri apie omonininkų smurtavimus Lietuvos pasienyje sukūrė filmą „Našy” („Mūsiškiai”), vėliau rodytą per sovietų televiziją.
Pasienio ir muitinės postai buvo užpulti daugiau kaip 40 kartų, pats pavojingiausias ruožas buvo pietryčių Lietuvos siena su Baltarusija. Čia, Šalčininkų ir Vilniaus rajonuose, aršiausiai veikė Sąjūdžio priešininkės „Jedinstvos” grupuotė, vietos gyventojai, kurių daugumą sudarė lenkai ir rusai, buvo labiausiai nuteikti prieš Lietuvos nepriklausomybę ir skelbėsi esą ne Lietuvos, o Sovietų Sąjungos sudėtyje. Jausdamas vietos gyventojų ir už sienos gyvenančių baltarusių paramą OMON-as čia surengė daugiau kaip pusę visų teroristinių aktų: Šalčininkų postas užpultas apie 15 kartų, Medininkų – 5, Lavoriškių – 4, Eišiškių – 3 kartus. Būtent pietryčių Lietuvoje ir prasidėjo pasienio karas, čia įvyko ir kraupios Lietuvos pareigūnų žudynės: gegužės 19-os naktį nušautas 33 metų Krakūnų (Šalčininkų raj.) posto pasienietis Gintaras Žagunis, o po dviejų mėnesių nušauti Medininkų poste (Vilniaus raj.) budėję septyni pareigūnai.
Pirmą kartą Lietuvos pasienis buvo užpultas 1990 m. gruodžio 17 d., kai į Eišiškių postą atvyko apie 20 agresyvių vyrų su šunimis. Vienas iš užpuolikų, prisistatęs Eišiškių milicijos komisaru Ivanu Jankausku, nurodė pasieniečių pamainos viršininkui Petrui Pumpučiui pasitraukti iš posto, nes toks esą Šalčininkų tarybos sprendimas. P. Pumpučiui atsakius, kad jie vykdo tik nepriklausomos Lietuvos įstatymus, buvo panaudotas pistoletas ir fizinis smurtas: suplėšyta Lietuvos vėliava, sudaužytas vagonėlis, keli pasieniečiai spėjo pabėgti į mišką, kiti du – P. Pumputis ir A. Levaškevičius – pateko į ligoninę; P. Pumpučiui diagnozuotas kraujo išsiliejimas į smegenis, sulaužyta koja. P. Pumputis buvo dalyvavęs Afganistano kare žvalgybos būryje, mokėjo kovinius veiksmus ir pradžioje kelis kartus atbloškė užpuolikus, bet jėgos buvo nelygios. Parvertę beginklį P. Pumputį teroristai jam spardė į kepenis, šokinėjo ant galvos, spaudė akis, o kai šis neteko sąmonės, nugabeno į Šalčininkų milicijos komisariatą ir prirakinę prie radiatoriaus toliau kankino.
Po 1991 m. sausio 13-os užpuolimai tapo pasieniečių ir muitininkų kasdienybe. Tačiau pasienio savanoriai nesitraukė, sudeginti vagonėliai buvo keičiami naujais, į sužeistų ar net užmuštų pareigūnų vietą stojo kiti (vietoe Medininkuose nušauto muitininko A. Musteikio atėjo jo sesuo ir pan.). Negalėdami palaužti pasieniečių ir muitininkų valios, teroristai darėsi vis nuožmesni.
Gegužės 16-os naktį Varėnos postą užpuolęs Alytuje dislokuotas sovietų desantininkų būrys paleido signalines raketas. Viena raketa pramušė pasieniečių vagonėlio sieną ir viduje sprogo. Išdužę stiklai pareigūnui sužalojo galvą, nuo raketų užsidegė netoliese buvusi Pasienio tarnybos būstinė.
Gegužės 17 naktį nušautas Krakūnų užkardos pasienietis Gintaras Žagunis.
Gegužės 17 naktį užpulta Kalvarijų pasienio užkarda, budėję pasieniečiai sumušti, asmeniniai daiktai atimti, o kitą naktį, gegužės 18-ą, sudegintas ir vagonėlis.
Gegužės 19-ą apšaudyti ir sudeginti Šalčininkų ir Eišiškių pasienio apsaugos ir muitinės vagonėliai, iš pareigūnų tyčiotasi naudojant smurtą.
Gegužės 23 d. Rygos OMON-o kariai sumušė penkis Vegerių užkardos pasieniečius, juos išrengė ir pririšo prie kelio užtvaro. Tą pačią dieną sumuštas Germaniškio posto viršininkas, sudeginti Vegerių, Mažeikių, Germaniškio, Saločių, Smėlynės postai. Smėlynės postas pakartotinai buvo užpultas po dešimties dienų. Šiuos puolimus filmavo sovietų televizijos žurnalistas A. Nevzorovas.
Gegužės 24 d. užpulti ir sudeginti Joniškio ir Pasvalio postai, o gegužės 25 vakarą Vilniaus OMON-as sudegino Lavoriškių, Šumsko ir Medininkų muitinės vagonėlius. Ta pati Lavoriškių muitininkų pamaina per dvi savaites buvo užpulta antrą kartą: pamainos viršininkui Algiui Meseckui bei buvusiam garsiam kanojininkui, olimpiniam čempionui Vladui Česiūnui sutrenktos smegenys ir sulaužyti šonkauliai, kojos. Lavoriškių muitininkė Žana Ledochovič už plaukų tampyta po plentą, vėliau uždaryta į vagonėlį grasinant jame sudeginti. Išvažiuodamas Vilniaus OMON-o vado pavaduotojas Vladimiras Razvodovas pažadėjo: „Trečią kartą gyvi neliksite”.
Pažadas po poros mėnesių buvo įvykdytas tik ne Lavoriškėse, o Medininkuose. 1991-ųjų liepos 31-osios ankstyvą rytą, apie 4 val., į Medininkų postą įsiveržė ginkluoti užpuolikai. Lietuvos pareigūnai buvo susiskirstę grupelėmis: keturi muitininkai buvo vagonėlyje, šalia jo – du greitojo reagavimo rinktinės „Aras” policininkai, o dar du kelių policininkai apie 50 m. nuo vagonėlio (gegužės pabaigoje dėl masinių užpuolimų pasieniečiai pasitraukė nuo sienos ir muitininkus pradėjo saugoti ginkluoti policininkai – manyta, kad toks manevras atvėsins okupantus). Grasindami ginklu užpuolikai visus pareigūnus suvarė į vagonėlį. Kaip prisimena likęs gyvas žudynių liudininkas Tomas Šernas, didelės baimės jis nejautęs, manęs, kad šis užpuolimas nedaug skirsis nuo ankstesnių, kai žmonių aukų buvo išvengta. Deja, šį kartą viskas buvo kitaip. Rusiškai kalbantys užpuolikai įsakė Lietuvos pareigūnams gultis ant grindų. Į beginklius pareigūnus paleista ne mažiau kaip 13 šūvių, taikyta į galvas. Žuvo greitojo reagavimo rinktinės „Aras” policininkai – dvidešimtmetis Mindaugas Balavakas ir dvidešimt dviejų Algimantas Juozakas, Kelių policijos rinktinės policininkai – dvidešimt devynerių Juozas Janonis ir keturiasdešimt vienerių Algirdas Kazlauskas, Vilniaus muitinės inspektoriai – trisdešimt trejų Antanas Musteikis ir trisdešimt penkerių Stanislovas Orlavičius. Du muitininkai – dvidešimties Ričardas Rabavičius ir dvidešimt devynerių Tomas Šernas buvo sunkiai sužeisti. Ričardo Rabavičiaus gyvybės išsaugoti nepavyko, jis mirė ligoninėje rugpjūčio 2 d. Išgyveno tik sunkiai sužeistas Tomas Šernas, tačiau dėl patirtų sužalojimų kurį laiką negalėjo nei kalbėti, nei judėti.
Tyrimo metu surinkti duomenys rodė, kad šį kruviną nusikaltimą padarė buvusios Sovietų Sąjungos ypatingosios paskirties milicijos būrio OMON iš Rygos smogikai, kuriems talkino Vilniaus OMON-inkai. Tai vėliau patvirtino ir teismas.
Dėl Medininkų žudynių kilusio didelio pasaulio visuomenės pasipiktinimo pasienio ir muitinių postų puldinėjimas baigėsi (tiesa, rugpjūčio 22 d. sovietų desantininkai dar užpuolė Kybartų postą), o po nesėkmingo rugpjūčio pučo Maskvoje (rugpjūčio 19-22 d.) Lietuvoje veikęs OMON būrys buvo likviduotas, jo vadai pabėgo į Rusiją.
