Gruodžio viduryje Jungtinėje Karalystėje buvo pastebėta nauja viruso atmaina (B.1.1.7 lineage arba angl. Variant of Concern, VOC). Nustatyta, jog ši viruso atmaina nukonkuravo kitas dominuojančias atmainas ir tapo viena iš dažniausiai aptinkamų Anglijos regione. Manoma, kad dėl jos stipriai išaugo susirgimų skaičius.
„Santaros klinikų medikai išanalizavo per 4000 Santaros klinikų laboratorijoje atliktų Lietuvos gyventojų viruso tyrimų teigiamus rezultatus, ir atrinko 8 mėginius, kuriuose pastebėtas S geno signalo praradimas, tikėtina, rodantis B.1.1.7 atmainą. Norint patvirtinti, ar Lietuvoje jau aptinkama naujoji „rūpestį kelianti“ atmaina, buvo nuspręsta atlikti šių ėminių viruso genomo sekoskaitą. Mėginiai buvo gauti iš Santaros klinikų biobanko“, – sako Santaros klinikų biobanko vadovas, vyresnysis medicinos biologas Daniel Naumovas.
Siekiant tikslumo sekoskaita buvo vykdyta dviejuose centruose: UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics" ir Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centre Mėginius paruošė ir sekoskaitą atliko dr. Justinas Šlikas, vyresnysis „Thermo Fisher Scientific“ mokslo darbuotojas bei Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centro medicinos biologas Rimvydas Norvilas, o gautų duomenų bioinformatinę analizę atliko Ingrida Olendraitė, Kembridžo universiteto virusų molekulinės biologijos ir bioinformatikos mokslininkė. Tyrimas atliktas, naudojant UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics" reagentus. Įmonė šiuos reagentus suteikė ir sekoskaitos dalį atliko neatlygintinai.
Patikrinus SARS-CoV-2 viruso atmainas, „rūpestį keliančios” B.1.1.7 neaptikta. Visuose mėginiuose buvo rasta iki šiol Lietuvoje sekoskaitos būdu neaptikta B.1.258 atmaina, kuri duomenų bazėse siejama su Jungtine Karalyste, Danija ir Šveicarija. Lietuvoje aptikta B.1.258 ir Jungtinėje Karalystėje rasta B.1.1.7 atmaina turi bendrą mutaciją – S baltymo 69-70 aminorūgščių praradimą, kuris, manoma, atsirado dėl protrūkio, susijusio su ūkiuose auginamomis audinėmis.
Pasak Santaros klinikų Hematologijos, onkologijos ir transfuziologijos centro vadovo prof. Laimono Griškevičiaus, puikiai pavyko tikslingai atsirinkti mėginius, atlikti geros kokybės sekoskaitą ir tiksliai išanalizuoti duomenis. Viruso mutacijos ilgainiui gali daryti įtaką diagnostinių rinkinių tikslumui, viruso perdavimui (užkrečiamumui), vakcinų veiksmingumui. Šiuo metu lengviau, taigi ir greičiau plintančios VOC (arba B.1.1.7) atmainos nei Santaros klinikos, nei kolegos Vilniaus universitete ir Lietuvos sveikatos mokslų universitete išanalizuotuose Lietuvoje aptikuose SARS-CoV-2 genomuose (~230; lapkričio-gruodžio mėn.) nerado. Tačiau šiuo metu, esant labai dideliam užsikrėtimų skaičiui, tokie pavieniai viruso genomo tyrimai yra nepakankami, todėl svarbu kuo greičiau pradėti nuolatinę viruso sekoskaitą Lietuvoje.
Apie B.1.258 atmainą
B.1.258 atmaina yra viena iš trijų žinomų viruso atmainų, kai kuomet pradingsta S-geno signalas, atliekant įprastinius viruso PGR tyrimus. Tai susieta su S baltymo 69-70 aminorūgščių praradimu ir dažniausiai aptinkama bent trijose skirtingose atmainų genomų atmainose (B.1.1 (taigi ir B.1.1.7), B.1.258 ir ‘cluster 5’). Taip pat šioje B.1.258 atmainoje aptinkama ir N439K (asparagino aminorūgštis, pakeista lizinu) mutacija S baltyme, kuri, manoma, padeda S baltymui stipriau prisijungti prie žmogaus ACE2 receptoriaus.
Apie B.1.1.7 atmainą
Susirūpinimą kelianti B.1.1.7 atmaina turi neįprastai didelį mutacijų kiekį (17), iš kurių 8 įvyko atsakingame už susijungimą su žmogaus ląstele – S gene. Pirmą kartą ši atmaina buvo aptikta Jungtinėje Karalystėje 2020 metų rugsėjį. Iki šios dienos toks pats virusas buvo aptiktas jau 29 šalyse. Pirminiai epidemiologiniai tyrimai rodo, kad B.1.1.7 atmaina siejama su išaugusiu užkrečiamumu. Šiuo metų nėra įrodymų, kad ši atmaina turėtų įtakos ligos sunkumui ar skiepų veiksmingumui.
Sekoskaitos svarba visuomenės sveikatai
Naujai atsirandančios viruso atmainos teoriškai gali pasižymėti gebėjimu greičiau plisti visuomenėje, sukelti lengvesnes ar sunkesnes ligos formas. Taip pat atmainas gali būti sunkiau aptikti atliekant diagnostinius testus. Atmainas būtina stebėti dėl galimo atsparumo vaistams bei vakcinai.
Apie SARS-CoV-2 sekoskaitos tyrimus Lietuvoje ir pasaulyje
Lietuvoje viruso sekoskaitą atlieka Santaros klinikos, Vilniaus universitetas ir Lietuvos sveikatos mokslų universitetas. Šiuo metų yra nustatyta 228 Lietuvoje plintančių virusų genomų. Deja, toks nedidelis sekoskaitos skaičius suteikia mažai informacijos apie epidemiologinį viruso atmainų paplitimą. Pasaulyje epidemiologiniai sekoskaitos tyrimai taikomi plačiau nei Lietuvoje. Jau į tarptautinę duomenų bazę įkelta per 322 tūkstančius viruso genomo sekų. Pirmaujanti šalis yra Jungtinė Karalystė, kurioje tyrėjai viruso sekoskaitą atlieka apie 10 proc. visų patvirtintų atvejų.
